Η δομή του Aegean Bioeconomy στοχεύει να διασφαλίσει την αποτελεσματική και ποιοτική διαχείριση των παραδοτέων του, τον συντονισμό δράσεων και ερευνητικών ομάδων, καθώς και την επίλυση επιστημονικό-τεχνικών και νομικο-θεσμικών ζητημάτων που θα προκύπτουν κατά τη διάρκεια του έργου.