Η Δρ Μαρία Αλούπη απεφοίτησε το 1990 από το Τμήμα Χημείας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και απέκτησε το Διδακτορικό της Δίπλωμα το 1999 από το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Έχει εκπαιδευτεί στην ανάλυση βαρέων μετάλλων σε περιβαλλοντικά δείγματα στο Marine Environmental Laboratory, στο Μονακό, με υποτροφία του Διεθνούς Οργανισμού Ατομικής Ενέργειας (IAEA). Έχει ασχοληθεί με την εκτίμηση της ρύπανσης και τη γεωχημεία των βαρέων μετάλλων στη θάλασσα, τα γλυκά νερά, το έδαφος και την ατμόσφαιρα, καθώς και με τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ μετάλλων και οργανισμών. Πρόσφατα στα ερευνητικά της ενδιαφέροντα προστέθηκε και η φυτοεξυγίανση του εδάφους και των λυμάτων.
Από το 1992 έχει συμμετάσχει σε 21 ερευνητικά προγράμματα χρηματοδοτημένα από ελληνικούς ή διεθνείς οργανισμούς. Έχει 48 ανακοινώσεις σε Διεθνή Συνέδρια και 37 δημοσιεύσεις σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά. Από το 2000 έχει διδάξει τα προπτυχιακά και μεταπτυχιακά μαθήματα «Θαλάσσια Χημεία», «Χημική Ωκεανογραφία», «Θαλάσσια Περιβαλλοντική Γεωχημεία», «Ρύπανση Υδάτων» και «Περιβαλλοντική Χημεία» στα Τμήματα Επιστημών της Θάλασσας και Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Σήμερα ανήκει στο Εργαστηριακό Διδακτικό Προσωπικό (Ε.Δι.Π.) του Τμήματος Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου και διδάσκει κυρίως «Χημεία» και «Υδατική Χημεία» σε προπτυχιακούς φοιτητές.