Ο Δρ. Στέργιος Βακάλης είναι Επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Περιβάλλοντος/Πανεπιστήμιο Αιγαίου στον τομέα «Διαχείριση Ενέργειας και Τεχνολογίες Χαμηλού Άνθρακα». Εργάζεται στο Εργαστήριο Ενεργειακής Ανάλυσης και η έρευνά του εστιάζει στην παραγωγή και ανάλυση καυσίμων και στην ενεργειακή απόδοση των ενεργειακών συστημάτων. Διδάσκει μαθήματα για Τεχνολογίες Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας, Μοντελοποίηση & Ανάλυση Ενέργειας (LCA/ MCA/ Aspen Plus/ Cantera-MATLAB) και Θερμοδυναμική (Μεταφορά θερμότητας και μάζας). Επιβλέπει έναν μεταδιδακτορικό, δυο διδακτορικούς και δύο μεταπτυχιακούς φοιτητές.
Από το 2018 έως το 2109 ο Δρ. Βακάλης εργάστηκε ως Επίκουρος Καθηγητής Έρευνας στο Libera Università di Bolzano στον τομέα της θερμοδυναμικής ανάλυσης και στην παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας από ανανεώσιμες πηγές. Το 2016, στο πλαίσιο της Μεταδιδακτορικής του διατριβής, του απονεμήθηκε η «Εθνική Υποτροφία Ακαδημαϊκής Αριστείας» από το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών. Ένα αξιοσημείωτο σημείο της έρευνάς του ήταν η ανάπτυξη της μεθόδου ενεργειακής απόδοσης 3Τ για την ολιστική αξιολόγηση των μονάδων waste-to-energy. Επίσης, σε συνεργασία με τον Robert Heimann έχει αναπτύξει την καινοτόμα μέθοδο της τυρβώδους πυρόλυσης η οποία παράγει βιοάνθρακα και βιοπετρέλαιο από αγροτικά απόβλητα και βιομάζα μόνο με τη χρήση τριβής και χωρίς την προσθήκη εξωτερικής θερμότητας. Ο Δρ. Βακάλης έχει διατελέσει κριτής πάνω από 25 επιστημονικά περιοδικά και έχει λάβει βραβεία για την «Εξαιρετική συμβολή στην κριτική» από τα ακόλουθα περιοδικά: Journal of Cleaner Production (Elsevier), Renewable Energy (Elsevier), Journal of Environmental Management (Elsevier) , Energy (Elsevier), Waste Management (Elsevier), Journal of Analytical and Applied Pyrolysis (Elsevier). Είναι μόνιμο μέλος της Οργανωτικής Επιτροπής του ετήσιου «Διεθνούς Συνεδρίου για την Αειφόρο Διαχείριση Στερεών Αποβλήτων» και είναι ορισμένος κριτής και αξιολογητής προτάσεων για τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας. Από το 2018, ο Δρ Βακάλης είναι μέλος του Παγκόσμιου Συμβουλίου WtERT (Waste Energy Research and Technology Council) σε συνεργασία με το Earth Engineering Center του Πανεπιστημίου Columbia της Νέας Υόρκης.